Русификация церквей
После аннексии Бессарабии Российской империей царские власти начинают постепенную интеграцию местных церковных структур в систему Русской православной церкви. Создается Кишиневская и Хотинская епархия, находившаяся под юрисдикцией Синода в Санкт-Петербурге.
После объединения Бессарабии с Румынией церковные структуры провинции интегрируются в Румынскую православную церковь. В 1925 году официально учреждается Бессарабская митрополия с офисом в Кишиневе.
После советского ультиматума и оккупации Бессарабии власти СССР начинают подчинение местных церковных структур Московскому патриархату. Этот процесс временно прерывается в 1941 году с возвращением румынской администрации.
После возвращения Красной армии в Бессарабию Бессарабская митрополия прекращает свое существование. Румынское духовенство уезжает или отстраняется, а церкви в Молдавской ССР интегрируются в Московский патриархат.
Как было заблокировано восстановление Бессарабской митрополии
В сентябре 1992 года Епархиальное собрание, созванное в Кишиневе, принимает решение о восстановлении Бессарабской митрополии, которая до 1944 года действовала в составе Румынского патриархата. В декабре 1992 года Румынский патриархат официально признает ее восстановление.
В ноябре 1993 года посредством Постановления Правительства № 719 государство признает исключительно Молдавскую митрополию, подчиненную Московскому патриархату, и отказывает в регистрации Бессарабской митрополии.
Бессарабская митрополия неоднократно обращается с просьбой о ее официальной регистрации. Власти отклоняют обращения, ссылаясь на риск возникновения религиозных конфликтов и на то, что уже существует официально признанная православная структура. Национальные суды выносят противоречивые решения, и дело доходит до Европейского суда по правам человека.
13 декабря 2001 года – осуждение Республики Молдова в ЕСПЧ
В декабре 2001 года по делу «Бессарабская митрополия и другие против Молдовы» Европейский суд по правам человека установил, что отказ властей зарегистрировать Бессарабскую митрополию нарушил свободу вероисповедания и свободу объединений.
В конце июля 2002 года, во исполнение решения ЕСПЧ, власти официально признают правосубъектность Бессарабской митрополии и выдают ей свидетельство о регистрации.
Правительство некоторое время признавало Молдавскую митрополию (аффилированную с Москвой) правопреемницей исторической Бессарабской митрополии. Впоследствии это решение было отменено Верховной судебной палатой. Споры относительно имущества и исторического правопреемства продолжились и после регистрации Бессарабской митрополии.